1. Среднесрочная комплексная Программа экономического развития Зауралья на 2011-2015 гг. / гл.ред. Тажитдинов И.А.; Правительство Республики Башкортостан, ИСЭИ УНЦ РАН. – Москва: Экономика, 2011. – 384 с. (разделы монографии).
2. Структурно-технологическая модернизация экономики региона / под общей редакцией акад. АН РБ М.Н. Исянбаева – Уфа: ИСЭИ УНЦ РАН, 2012.– 158 с.
3. Среднесрочная комплексная программа социально-экономического развития северо-восточных районов Республики Башкортостан на 2011 – 2015 годы / Правительство Республики Башкортостан, ИСЭИ УНЦ РАН; ред. кол.: Сафиуллин Ф.А. (гл. ред.) и др. – Москва: Экономика, 2012. – 392 с.
4. Развитие рынка жилья и проблемы жилищной политики на селе в Республике Башкортостан: монография / Гатауллин Р.Ф., Масалимов С.Г., Амирханов И.В. Р. Ф. Гатауллин, С. Г. Масалимов, И. В. Амирханов; Восточный ин-т экономики, гуманитарных наук, упр. и права. – Уфа, Восточный институт, 2005.
5. Проблемы обеспечения эффективной занятости на селе / Гатауллин Р.Ф., Юнусов Ф.А.; Вост. ин-т экономики, гуманитар. наук, упр. и права. – Уфа, Восточный институт, 2005. – 92 с.
6. Бедность в России: масштабы и пути преодоления: монография /Гатауллин Р.Ф., Ишмуратова В.Г.; Восточный ин-т экономики, гуманитарных наук, упр. и права. Уфа, Восточный институт, 2006. – 102 с.
7. Экономика муниципального сектора: монография / Гатауллин Р.Ф., Гатауллин Р.Р., Галиев И.В. Уфа, 2006. – 156 с.
8. Моделирование бюджетных процессов на муниципальном уровне на основе нейросетей: монография / Гатауллин Р.Ф., Горбатков С.А., Бирюков А.Н., Глущенко О.И. – Уфа, 2008. – 216 с.
9. Гатауллин, Р.Ф. Уровень благосостояния сельского населения: насущные проблемы: монография / Восточная экономико-юридическая гуманитарная академия. Уфа, 2008. – 99 с.
10. Социально-экономические проблемы сокращения бедности: монография / Р. Ф.Гатауллин, В. Г. Ишмуратова, Р. М. Сагатгареев; Восточная экономико-юридическая гуманитарная акад. (Акад. ВЭГУ). Уфа, 2009. – 135 с.
11. Повышение эффективности муниципального сектора экономики: монография / Р. Ф.Гатауллин, Р. Р. Гатауллин, Э. Р. Салимова; Вост. экономико-юридическая гуманитарная акад. – Уфа, 2009. – 119 с.
12. Институциональные основы модернизации агропромышленного комплекса региона (на примере Республики Башкортостан): Коллективная монография / Гатауллин Р.Ф., Нусратуллин В.К., Гизатуллин Х.Н. и др. / под ред. д-ра экон. наук, проф. Д.А. Гайнанова. – Уфа, ИСЭИ УНЦ РАН, 2014. – 200 с.
13. Институциональные основы развития Республики Башкортостан: монография / Гизатуллин Х.Н., Гатауллин Р.Ф., Сафин Ф.Г. и др. / под общ. ред. чл.-корр. РАН, советника РАН, д-ра экон. наук, проф. Х.Н. Гизатуллина и д-ра экон. наук, проф. В.К. Нусратуллина; Уфимский научный центр РАН; Восточная экономико-юридическая гуманитарная академия (Академия ВЭГУ). – Уфа, 2014. – 160 с.
14. Стратегический план экономического развития городского округа город Уфа Республики Башкортостан до 2030 года. Администрация г. Уфы, ИСЭИ УНЦ РАН. – Уфа: ИСЭИ УНЦ РАН, 2015 (разделы в монографии).
15. Устойчивость и безопасность в социально-экономическом развитии регионов: монография / Р.Ф. Гатауллин, А.Ю. Гайфуллин, А.Г. Каримов. – Уфа: РИЦ БашГУ, 2015. – 184 с.
16. Структуризация экономического пространства региона: сущность, факторы, проектирование: монография / под общей редакцией д-ра экон. наук, проф. Р.Ф. Гатауллина. – Уфа: ИСЭИ УНЦ РАН, 2016. – 216 с.
17. Интегративное межтерриториальное взаимодействие в условиях экономических и политических вызовов: монография Гайнанов Д.А., Гатауллин Р.Ф., Атаева А.Г. и др. – Уфа, 2016. – 170 с.
18. Основы управления инновационным потенциалом разноуровневых социально-экономических систем: монография / Ахметов Т.Р., Васильева О.П., Гатауллин Р.Ф. и др. – Уфа, 2016.
19. Управление инновационным потенциалом разноуровневых социально-экономических систем / Гатауллин Р.Ф., Каримов А.Г. // под ред. А.М. Мухамедьярова. – ИСЭИ УНЦ РАН, 2016. – С. 113-119.
20. Нивелирование пространственной поляризации социально-экономического развития разноуровневых территориальных систем: Коллективная монография / Р.Ф. Гатауллин, А.Г. Каримов, С.Ш. Аслаева и др. / под общей редакцией д-ра экон. наук, проф. Р.Ф. Гатауллина. – Уфа: ИСЭИ УФИЦ РАН, 2019. – 206 с.