1. Региональная социально-экономическая политика в условиях перехода к рыночным отношениям (на примере Республики Башкортостан) (№ гос. регистрации 01200010731). Научный руководитель – д.э.н. Исянбаев М.Н. Период разработки: 1998-2000гг.
2. Энергетическая эффективность функционирования территориальных производственных систем (на примере продовольственной системы Республики Башкортостан) (№ гос. регистрации 01200010736). Научный руководитель – к.э.н. Гарипов Ф.Н. Период разработки: 1998-2000гг.
3. Социальные последствия реформ в Башкортостане (№ гос. регистрации 01200010733). Научный руководитель – д.ф.н. Гилязитдинов Д.М. Период разработки: 1998-2000гг.
4. Социально-демографические проблемы развития населения и трудовых ресурсов Республики Башкортостан (№ гос. регистрации 01200010734). Научный руководитель – д.с.н. Насибуллин Р.Т. Период разработки: 1998-2000гг.
5. Своеобразие развития духовного потенциала культуры Республики Башкортостан (№ гос. регистрации 01200011052). Научный руководитель – д.филос.н. Валеев Д.Ж. Период разработки: 1998-2000гг.
6. Укрепление российской государственности, включая федеральные отношения (№ гос. регистрации 01200010735). Научный руководитель – д.ю.н. Раянов Ф.М. Период разработки: 1998-2000гг.
7. Теория государственного регулирования экономики (на уровне субъектов федерации) (№ гос. регистрации 01200011051). Научный руководитель – д.э.н. Фаттахов Р.В. Период разработки: 1998-2001гг.
8. «Разработка иерархической системы экономико-математических моделей для анализа и прогнозирования социально-экономических процессов региона» (№ гос. регистрации 01200011054). Научный руководитель – д.э.н. Фаттахов Р.В. Период разработки: 1999-2001гг.
9. «Политическое сознание населения РБ в период общественной трансформации» (№ гос. регистрации 01200011035). Научный руководитель – к.ю.н. Рахманов М.Г. Период разработки: 1999-2001гг.
10. «Социальные факторы развития человеческого потенциала региона в условиях трансформации общества» (№ гос. регистрации 01200112665). Научный руководитель – д.филос.н. Гилязитдинов Д.М. Период разработки 2001-2003гг.
11. «Общественная мысль Башкортостана ХХ столетия» (№ гос. регистрации 01200112666). Научный руководитель – д.филос.н. Валеев Д.Ж. Период разработки 2001-2002гг.
12. «Проблемы собственного правового регулирования общественных отношений в субъектах Российской Федерации» (№ гос. регистрации 01200112667). Научный руководитель – д.ю.н. Раянов Ф.М. Период разработки 2001-2003гг.
13. «Научно-методический и модельный инструментарий прогнозирования территориального развития» (№ гос. регистрации 01.200.2 12113). Научные руководители д.э.н. Фаттахов Р.В., к.т.н. Низамутдинов М.М. Период разработки: 2002-2004 гг.
14. «Финансовые параметры регионального развития в условиях трансформации экономических систем: теория и практика формирования, оценки и управления» (№ гос. регистрации 01.200.0 10732). Научный руководитель – д.э.н. Климова Н.И. Период разработки: 2000-2004 гг.
15. «Институциональные преобразования в регионах (на примере Республики Башкортостан)» (№ гос. регистрации 01.200.1 12664). Научные руководители – д.э.н., проф. Исянбаев М.Н., к.с.н. Ахметьянова Р.А.
16. «Активизация потенциала саморазвития регионов и территориальная дифференциация» (№ гос. регистрации 01.2.006 05480). Научные руководители – к.э.н. Новоселова О.В., к.э.н. Печаткин В.В. Период разработки: 2004-2006гг.
17. «Качество экономического роста: теория и практика оценки и управления (на примере регионов Приволжского федерального округа)» (№ гос. регистрации 0120.0 501399). Научный руководитель – д.э.н. Климова Н.И. Период разработки: 2005-2007гг.
18. «Комплексная модель социально-экономического развития региона (№ гос. регистрации 0120.0 501400)». Научный руководитель – к.т.н. Низамутдинов М.М. Период разработки: 2005-2007гг.
19. Экономический федерализм в системе «регион — муниципальное образование» (№ гос. регистрации 0120.0 503510). Научный руководитель – д.э.н. Зулькарнай И.У. Период разработки: 2005-2007гг.
20. «Депрессивные территории: теория и практика стабилизации и развития» (№ госрегистрации 01.2.006 05479). Научный руководитель – д.э.н. Исянбаев М.Н. Период разработки: 2006-2008 гг.
21. «Социальные технологии управления обществом» (№ гос. регистрации 01.2.006 06801). Научный руководитель – к.с.н. Гайфуллин А.Ю. Период разработки: 2006-2008гг.
22. «Формирование новой каркасной структуры экономики регионов в условиях глобализации» (№ гос. регистрации (№ гос. регистрации 01.200.4 04453). Научный руководитель – к.э.н. Печаткин В.В. Период разработки: 2007-2009гг.
23. «Модельный инструментарий и информационные технологии в управлении региональным развитием» (№ гос. регистрации 0120.0 803216). Научные руководители темы – д.э.н., проф. Д.А. Гайнанов, к.т.н., доц. М.М. Низамутдинов. Период разработки: 2008-2010гг.
24. «Развитие территорий с позиций императивов пространственной экономики»
(№ гос. регистрации 0120.0 803215). Научный руководитель темы – д.э.н., проф. Н.И. Климова. Период разработки: 2008-2010гг.
25. «Институциональные преобразования региональной экономики и местного самоуправления» (№ гос. регистрации 0120.0803217). Научный руководитель – д.э.н. И.У. Зулькарнай. Период разработки: 2008-2010гг.
26. «Структурно-технологическая модернизация экономики регионов (на примере Республики Башкортостан)». Научный руководитель – д.э.н., проф. М.Н. Исянбаев. Период разработки: 2009-2011гг.
27. «Социальный потенциал молодежи в инновационном обществе». Научный руководитель – к.с.н. А.Ю. Гайфуллин. Период разработки: 2009-2011гг.
28. Эволюция региональных социально-экономических систем: диагностика и управление (№ гос. регистрации 0120.1000411). Научный руководитель темы – к.э.н. В.В. Печаткин. Период разработки: 2010-2012гг.
29. Инструментарий и технологии моделирования комплексного развития региона и муниципальных образований (№ госрегистрации 01201157202). Научный руководитель – д.э.н., проф. Д.А. Гайнанов. Период разработки: 2011-2013гг.
30. Управление региональными финансами на стадии посткризисного роста (№ госрегистрации 01201157689). Научный руководитель темы – д.э.н., проф. Н.И. Климова. Период разработки: 2011-2013гг.
31. Институциональные основы модернизации экономики региона (на примере АПК Республики Башкортостан) (№ госрегистрации 01201157203). Научный руководитель – д.э.н. В.К. Нусратуллин. Период разработки: 2011-2013гг.
32. Устойчивое развитие регионов в условиях модернизации экономики России (на примере Республики Башкортостан) (№ госрегистрации 01201251831). Научный руководитель – д.э.н., проф. М.Н. Исянбаев. Период разработки: 2012-2014гг.
33. Социальная безопасность региона в условиях трансформации российского общества (№ госрегистрации 01201252359). Научный руководитель – к.с.н., доц. А.Ю. Гайфуллин. Период разработки: 2012-2014гг.
34. Эколюция региональных социально-экономических систем: диагностика и управление (№ гос. регистрации 0120.1000411). Научный руководитель: к.э.н., доц. В.В. Печаткин. Период разработки: 2010-2013гг.
35. Стратегическое управление ключевыми потенциалами развития разноуровневых социально-экономических систем с позиций обеспечения национальной безопасности (№ гос. регистрации 01201456661). Научный руководитель: д.э.н., проф. Гайнанов Д.А. Период разработки: 2014–2016 гг.
36. «Технологии и инструментарий моделирования влияния трансформации человеческого капитала на пространственно-экономическое развитие территориальных систем» (№ госрегистрации AAAA-A17-117021310210-1). Научный руководитель: д.э.н., проф. Д.А. Гайнанов Период разработки: 2017-2021 гг.
37. «Модели финансового управления территориями на различных стадиях их жизненного цикла» (№ госрегистрации АААА-А17-117021310212-5). Научный руководитель: д.э.н., проф. Н.И. Климова. Период разработки: 2017–2021 гг.
38. «Социализация экономической системы, формирующая новые траектории социального развития региона» (№ госрегистрации АААА-А17-117021310208-8). Научный руководитель: д.э.н., доцент Г.Ф. Биглова Период разработки: 2017–2021 гг.
39. «Нивелирование пространственной поляризации разноуровневых территориальных систем в условиях формирования технологического прорыва» (№ госрегистрации AAAA-A17-117021310209-5). Научный руководитель: д.э.н., проф. Р.Ф. Гатауллин. Период разработки: 2017-2021 гг.
40. «Формирование и реализация стратегических приоритетов территориальных социально-экономических систем в условиях глобальных вызовов» (№ госрегистрации AAAA-A17-117021310211-8). Научный руководитель: к.э.н., доц. В.В. Печаткин. Период разработки: 2017-2021 гг.
41. «Моделирование развития территориальной системы расселения в условиях структурной трансформации экономики» (№ гос. регистрации 122040400111-4). Научный руководитель: д.э.н. Гайнанов Д.А. Период разработки: 2022–2024 гг.
42. «Пространственное развитие на основе активизации потенциала межрегионального и межмуниципального взаимодействия» (№ гос. регистрации 122040400119-0). Научный руководитель: д.э.н. Гатауллин Р.Ф. Период разработки: 2022–2024 гг.
43. «Формирование и развитие инновационной экономики региона в условиях цифровизации». (№ гос. регистрации 122040400120-6). Научный руководитель: д.э.н. Гатауллин Р.Ф. Период разработки: 2022–2024 гг.
44. «Результативность использования общественных финансов региона» (№ гос. регистрации 122040400127-5). Научный руководитель: к.э.н. Иванов П.А. Период разработки: 2022–2024 гг.
45. «Интенсификация развития социального капитала региона в условиях современных социокультурных изменений» (№ госрегистрации 122040400121-3). Научный руководитель: к.с.н. Каримов А.Г. Период разработки: 2022–2024 гг.